Το Εθνικό Πάρκο Υγροτόπων Αμβρακικού ιδρύθηκε στις 21 Μαρτίου 2008 με την Κοινή Υπουργική Απόφαση 11989/2008 (ΦΕΚ 123/Δ’/21- 03-2008). Η ανακήρυξη της περιοχής ως Εθνικό Πάρκο και ο καθορισμός χρήσεων, όρων και περιορισμών, ήταν το αποκορύφωμα μιας μακρόχρονης προσπάθειας για την προστασία της σε Εθνικό επίπεδο. Η μεγάλη βιολογική, οικολογική, αισθητική, επιστημονική, γεωμορφολογική και παιδαγωγική αξία της περιοχής έχει αναγνωριστεί διεθνώς με την ένταξή της στους υγροτόπους Διεθνούς σημασίας της συνθήκης Ραμσάρ (2/2/1971), με την οριοθέτηση 4 περιοχών του Δικτύου Natura 2000 (με κωδικούς: GR2110001, GR2110004, GR2310006 και GR2310014), καθώς επίσης και από τις συμβάσεις της Βέρνης (19/9/1979), της Βόννης (23/6/1979) και της Βαρκελώνης (16/2/1976).

Στο Εθνικό Πάρκο Υγροτόπων Αμβρακικού διακρίνουμε τέσσερα επίπεδα προστασίας, με τους όρους και περιορισμούς να εντείνονται μεταβαίνοντας σταδιακά προς τον πυρήνα του. Αναλυτικότερα έχουμε την περιφερειακή περιοχή του Εθνικού Πάρκου η οποία καλείται «Ζώνη Περιβαλλοντικού Ελέγχου» και καταλαμβάνει έκταση 177.990 εκτάρια, στη συνέχεια υπάρχει η ζώνη μετάβασης προς τον πυρήνα του Εθνικού Πάρκου η οποία ονομάζεται «Ζώνη Β’ Περιοχές Ειδικών Ρυθμίσεων» και έχει έκταση 10.522 εκτάρια, η «Ζώνη Α1’ Περιοχές Ειδικής Διαχείρισης Υδάτων» επιφανείας 457 εκτάρια και τέλος η «Ζώνη Α’ Περιοχές Προστασίας της Φύσης» που αποτελεί και την καρδιά του Εθνικού Πάρκου, καταλαμβάνοντας έκταση συνολικής επιφανείας 18.246 εκτάρια.