Ο Αμβρακικός αποτελεί ένα από τα πιο πολύπλοκα μωσαϊκά υγροτόπων στην Ελλάδα. Από τους 16 τύπους φυσικών ενδιαιτημάτων που εντοπίζονται στο Εθνικό Πάρκο Υγροτόπων Αμβρακικού, σύμφωνα με τα κριτήρια αξιολόγησης της Οδηγίας 92/43/ΕΟΚ.

Οι περισσότερες λιμνοθάλασσες απαντώνται στο βόρειο τμήμα του Αμβρακικού κόλπου, καθώς έχουν σχηματιστεί από την προσχωσιγενή δράση των ποταμών Αράχθου και Λούρου. Οι μεγαλύτερες από αυτές είναι το σύμπλεγμα «Ροδιά, Τσουκαλιό, Αυλερή», δυτικά του λόφου της Σαλαώρας και η λιμνοθάλασσα Λογαρού ανατολικά του ίδιου λόφου. Οι δύο από τις τρεις λιμνοθάλασσες, το Τσουκαλιό και η Ροδιά επικοινωνούν μεταξύ τους, δημιουργώντας ένα σπάνιο για τα ελληνικά δεδομένα διπλό λιμνοθαλάσσιο σύμπλεγμα.

Ένα ακόμα ιδιαίτερο χαρακτηριστικό της περιοχής αποτελούν οι λουρονησίδες που έχουν δημιουργηθεί μεταξύ των λιμνοθαλασσών και του Αμβρακικού κόλπου. Οφείλουν το σχηματισμό τους στη μακροχρόνια απόθεση οστράκων που παρασυρμένα από τα θαλάσσια ρεύματα, συσσωρεύονται σχηματίζοντας επιμήκεις νησίδες.

Επίσης περιοχές ιδιαίτερης σημασίας είναι η λιμνοθάλασσα Σαλτίνης και η λίμνη Βουλκαριά, καθώς θεωρούνται όρια εξάπλωσης, του προστατευόμενου είδους Carex acuta (Carex panormitana Guss).

Ο μεγαλύτερος ενιαίος καλαμώνας των Βαλκανίων, αυτός της Ροδιάς, μαζί με τους αλμυρόβαλτους του Αράχθου και τους γλυκόβαλτους της ζώνης πλημμυρών του Λούρου, αποτελούν ορισμένες από τις σημαντικότερες περιοχές της επικράτειας για τους συγκεκριμένους τύπους ενδιαιτημάτων.

Ενδεικτική της ποικιλομορφίας των οικοσυστημάτων της περιοχής, είναι η διαφοροποίηση της βλάστησης που απαντάτε στους λόφους της περιοχής (Μαυροβουνίου, Σαλαώρας, Προφήτη Ηλία, Αγίας Αικατερίνης) και αποτελείται από θερμόφιλα δάση φυλλοβόλων ειδών δρυός, όπως χνοώδης δρύς (Quercus pubescens), πλατύφυλλη δρύς (Quercus frainetto), πουρνάρι (Quercus coccifera), αγριελιά (Olea oleaster), όστρυα (Ostrya caprini- folia), ασφάκα (Flomis fruticosa), παλιούρι (Paliurus spina cristi) και πολλά άλλα.

Τέλος, στην περιοχή του Λούρου – Πρεβέζης, διασώζεται ένα από τα τελευταία εναπομείναντα παραποτάμια δάση της χώρας μας. Το παραποτάμιο δάσος του Αγίου Βαρνάβα αποτελείται από συστάδες Νερόφραξων (Fraxinus angusti- folia) και άλλων υδρόφιλων πλατύφυλλων ειδών