Ο Φορέας Διαχείρισης Υγροτόπων Αμβρακικού ιδρύεται στις 27/8/2002 μαζί με άλλους 25 Φορείς Διαχείρισης Προστατευόμενων Περιοχών με το Νόμο 3044/02. Είναι Ν.Π.Ι.Δ. μη κερδοσκοπικού χαρακτήρα, του ευρύτερου Δημοσίου Τομέα (εποπτευόμενος από το Υπουργείο Περιβάλλοντος και Ενέργειας) και σύμφωνα με το Νόμο 2742/99 έχει σκοπό: «τη διοίκηση και διαχείριση των περιοχών, στοιχείων και συνόλων της φύσης και του τοπίου των περιοχών που χαρακτηρίζονται ως ΠΡΟΣΤΑΤΕΥΟΜΕΝΕΣ».

Για την αποτελεσματικότερη επίτευξη αυτού του σκοπού, διοικείται από ένα 11μελές Διοικητικό Συμβούλιο στο οποίο συμμετέχουν εκπρόσωποι των συναρμόδιων Υπουργείων, της Αποκεντρωμένης διοίκησης, της Περιφερειακής και Τοπικής αυτοδιοίκησης, αλιευτικών συνεταιρισμών, μη κυβερνητικών περιβαλλοντικών οργανώσεων και της ΕΤΑΝΑΜ ΑΕ ΟΤΑ. Με αυτό τον τρόπο επιδιώκεται η μέγιστη δυνατή αντιπροσώπευση της Πολιτείας, των τοπικών Αρχών και των χρηστών της περιοχής, στην ανάπτυξη της συμμετοχικότητας και της λήψης μέτρων συν-διαχείρισης για το Εθνικό Πάρκο Υγροτόπων Αμβρακικού.

Με το Ν. 4519/2018 ο Φορέας Διαχείρισης Υγροτόπων Αμβρακικού μετονομάζεται σε Φορέας Διαχείρισης Αμβρακικού κόλπου – Λευκάδας και με τον τρόπο αυτό δίνεται έμφαση στην  προστασία του Αμβρακικού κόλπου, ενώ συγχρόνως ο Φορέας Διαχείρισης επεκτείνει την χωρική του αρμοδιότητα στις προστατευόμενες περιοχές Νatura2000 της Λευκάδας.

Το όραμα που πρεσβεύει ο Φορέας Διαχείρισης Αμβρακικού Kόλπου – Λευκάδας είναι: η διατήρηση των στοιχείων του φυσικού περιβάλλοντος (οικότοποι, είδη χλωρίδας και πανίδας) σε συνδυασμό με τη βιώσιμη ανάπτυξη της περιοχής. Ουσιαστικά αυτό που επιδιώκεται είναι η αποκατάσταση της λειτουργικότητας των οικοσυστημάτων που έχει υποβαθμιστεί, χωρίς να περιθωριοποιείτε η τοπική κοινωνία ή να τίθεται σε κίνδυνο η οικονομική της ευημερία. Η επιτυχημένη εφαρμογή αυτού του μοντέλου διαχείρισης, θα οδηγήσει στην ανάδειξη των εγγενών αξιών της βιοποικιλότητας και στην αναγνώρισή της ως μείζονος σημασίας για την ευμάρεια της περιοχής.