Ο Φορέας Διαχείρισης Υγροτόπων Αμβρακικού ιδρύθηκε με τον νόμο Ν. 3044/2002 ενώ ο χαρακτηρισμός της περιοχής για την οριοθέτηση της προστατευόμενης περιοχής με τις ζώνες προστασίας περιγράφεται στο ΦΕΚ 123 / Δ’/ 21-03-2008. Το 2018, ο Φορέας Διαχείρισης Υγροτόπων Αμβρακικού μετονομάζεται σε Φορέα Διαχείρισης Αμβρακικού Κόλπου – Λευκάδας (Ν.4519/2018). Το 2018 στην περιοχή ευθύνης του Φορέα Διαχείρισης Υγροτόπων Αμβρακικού ενσωματώνεται το εσωτερικό αρχιπέλαγος Ιονίου, οι λιμνοθάλασσες στενών Λευκάδας και Αλυκές Λευκάδας, καθώς και η περιοχή Χορτάτων της ορεινής Λευκάδας.

Ο Φορέας Διαχείρισης Αμβρακικού Κόλπου – Λευκάδας είναι νομικό πρόσωπο ιδιωτικού δικαίου κοινωφελούς χαρακτήρα που εποπτεύεται από το υπουργείο Περιβάλλοντος και Ενέργειας (ΥΠΕΝ). Σκοπός ίδρυσης του Φορέα Διαχείρισης Αμβρακικού Κόλπου – Λευκάδας είναι η προστασία, διατήρηση και διαχείριση της προστατευόμενης περιοχής που ανήκουν στα όρια ευθύνης του. Ειδικότερα, επιδιώκεται η διατήρηση και διαχείριση των σπανίων οικοτόπων, των ειδών χλωρίδας και πανίδας και κυρίως της ορνιθοπανίδας που συντίθεται από αρκετά σημαντικά είδη, μερικά από τα οποία θεωρούνται παγκόσμια απειλούμενα.